Villa perteneciente a la Hermandad de Montes de Oca en el partido Juarros, uno de de los catorce que formaban la Intendencia de Burgos durante el periodo comprendido entre 1785 y 1833, tal como se recoge en el Censo de Floridablanca de 1787. Tenía jurisdicción de realengo con alcalde ordinario.
A la caída del Antiguo Régimen queda constituida como ayuntamiento constitucional denominado entonces Alcocero en el partido Belorado, región de Castilla la Vieja, contaba entonces con 136 habitantes.
En esta localidad burgalesa es donde se estrelló el avión que transportaba al general Mola, muriendo todos los ocupantes del aparato. En recuerdo de este hecho se puso el actual nombre al pueblo, que anteriormente se llamaba sólo Alcocero.
En el lugar aproximado del accidente, el ejército construyó un monolito de unos 20 metros de altura con una escalera en su interior para subir a la parte alta, y puede ser divisado desde varios puntos de la comarca.